医疗事故纠纷鉴定的启动程序，有三种方式，包括：医患双方共同委托鉴定、卫生行政部门组织鉴定和法院指定鉴定。
1、医患双方共同委托鉴定的。
如果医患双方在治疗过程中，发生医疗纠纷的，并且协商一致，通过医疗事故鉴定，来确定是否构成医疗事故、构成何种等级的医疗事故、医疗事故赔偿数额的。通过医疗事故鉴定来解决医疗纠纷的，可以由医疗纠纷双方当事人共同委托当地医学会组织医疗事故鉴定。
按照《医疗事故处理条例》规定，医疗事故鉴定的组织，是由医疗纠纷发生地的卫生行政部门主管。卫生行政部门下属的医学会，专门设有医学会，该委员会是负责医疗事故技术鉴定工作的。
2、卫生行政部门组织鉴定的。
如果当地的卫生行政部门，接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告，或者医疗事故争议当事人，要求处理医疗事故争议的申请后，卫生行政部门认为需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
当地卫生行政部门启动医疗事故鉴定的程序医疗卫生行政主管部门接到下属的医疗机构的报告组织的鉴定;或者是患者及其家属单方面要求卫生行政主管部门组织医疗事故鉴定，并且得到许可的情况下方可以启动。
3、法院要求鉴定的。
根据中国诉讼法的相关规定，如果在医疗纠纷诉讼中，医疗机构和患者及其家属都没有提出医疗事故鉴定申请的，而主审法官认为有必要做事故纠纷的，那么法官自己也可以提出医疗事故鉴定的要求，启动医疗事故鉴定程序。
一旦发生医疗纠纷，病员及其家属有权在发生事故或事件不良后果发生后1年之内提出医疗事故或者事件的鉴定(《医疗事故处理条例》第三十七条)。
医疗纠纷的双方当事人，对首次医疗事故技术鉴定委员会的鉴定结论不服的，可以在接到鉴定结论书之日起15日内，向所在省、自治区、直辖市医疗事故技术鉴定委员会申请鉴定。对所在省、自治区、直辖市医疗事故技术鉴定委员会的鉴定结论不服的，可以在接到鉴定结论书之日起15日内，向人民法院起诉(《医疗事故技术鉴定暂行办法全文》第四十条)。
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